Tallinnan keskusta tarjoaa useita kylpylähotelleja, joissa yhdistyvät rentoutuminen ja kaupungin historiallisten nähtävyyksien läheisyys. Nämä hotellit sopivat niin perheille kuin pariskunnille, ja niiden hinnat vaihtelevat budjettiystävällisistä vaihtoehdoista laadukkaampiin majoituksiin. Esimerkiksi Kalev Spa Hotel & Waterpark tarjoaa sisäuima-altaan ja kylpyläpalvelut, kun taas Tallink Spa & Conference Hotel tunnetaan monipuolisista sauna- ja allasosastoistaan. Suosituimmat alueet keskustassa ovat Rotermannin ja Virun korttelit, joista on lyhyt kävelymatka Vanhaankaupunkiin.
Kylpylähotelleissa on yleensä käytettävissä uima-altaita, saunoja ja kuntosaleja. Hinnat alkavat noin 80 eurosta yötä kohden, ja aamiainen sisältyy usein hintaan. Suosittuja hotelleja ovat muun muassa Original Sokos Hotel Viru, josta on hyvät yhteydet ostoskeskukseen, ja Radisson Collection Hotel, Tallinn, joka tarjoaa modernit tilat ja panoraamanäkymät. Varaajille on hyvä tietää, että keskustan hotellit ovat kävelymatkan päässä satamasta ja lentokentältä.