Tallinnan kylpylähotellit sijaitsevat kätevästi keskustassa ja vanhassakaupungissa, joten niistä on lyhyt matka nähtävyyksiin ja satamaan. Hotellit vaihtelevat edullisista kolmen tähden vaihtoehdoista (kuten Metropol Hotel) aina viiden tähden luksukseen (Swissotel Tallinn). Yhteistä niille ovat kattavat spa-palvelut: uima-altaat, saunat ja kylpylähoidot. Esimerkiksi Kalev Spa Hotel & Waterpark tarjoaa vesipuiston ja Radisson Collection Hotel Tallinnissa on 24. kerroksen kattoterassi.
Top-luokituksen saaneista hotelleista Hilton Tallinn Parkissa on asiakkaille maksuton Eforea-spa 15 metrin uima-altaalla ja kahdella saunalla. Movenpick Hotel Tallinn puolestaan houkuttelee japanilaisella altaalla ja höyrysaunalla, mutta spa on auki kello 7-21 ja alle 16-vuotiaat pääsevät vain kello 10-19 aikuisen seurassa. Tallink Spa & Conference Hotel on tunnettu sekä sisä- että ulkoaltaastaan, ja se sijaitsee vain 100 metrin päässä matkustajasatamasta. Ennen varausta kannattaa tarkistaa, sisältyykö spa-huonehintaan ja onko aikavaraus tarpeen.