Prahan kylpylähotellit tarjoavat yhdistelmän kaupunkilomaa ja hyvinvointipalveluita. Kaupungin keskustasta löytyy sekä historiallisia että moderneja hotelleja, joissa on spa- ja wellness-keskuksia. Esimerkiksi Four Seasons Hotel Prague yhdistää vanhan kaupungin keskeisen sijainnin ja kylpylän, joka hyödyntää perinteisiä tšekkiläisiä kuuma kylpy -menetelmiä. Budjetti voi vaihdella huomattavasti: Theatrino Hotel tarjoaa edullisemman vaihtoehdon, mutta senkin yhteydessä on spa-keskus höyrysaunoineen. Keskimäärin kylpylähotellien hinnat alkavat noin 100 eurosta per yö.
Parhaat alueet kylpylähotellille ovat Vanhakaupunki, jossa sijaitsee useita historiallisia kiinteistöjä, sekä uudemmat kaupunginosat, kuten Vysočany, jossa Hotel Stepin yhteydessä toimii laaja urheilu- ja hyvinvointikeskus. Majoituksessa kannattaa kiinnittää huomiota siihen, sisältyvätkö kylpyläpalvelut huonehintaan vai veloitetaanko ne erikseen. Monissa hotelleissa, kuten Buddha-Bar Hotel Praguessa, on myös ravintoloita ja baareja, jotka täydentävät kylpyläkokemusta. Grandium Hotel Prague puolestaan tarjoaa yksityisen pysäköinnin ja erinomaisen aamiaisen, mikä helpottaa kaupungissa liikkumista.